微波干燥殺菌設備運行時首先由微波發生器發生微波，經饋能裝置輸入微波加熱器中；物料由傳輸系統送至加熱器中，此時物料中的水分在微波能的作用下升溫蒸發，水蒸氣通過抽濕系統排除而達到干燥的目的。物料中的細菌則被微波電磁場作用下所產生的生物效應和熱效應殺滅。由于微波是直接作用于物料，所以干燥溫度低、速度快，藥物中的有效成份的損失很小。

　微波干燥殺菌設備因其結構特點，能適應惡劣環境，所以主要應用在環境溫度高、粉塵大、連續工作的地方，但這種微波設備因制造生產工藝復雜，所以整機成本較高，微波發生器（磁控管）安裝在隧道箱體頂層，饋電器用銀焊條焊接成的黃銅板制造，微波直接輻射到物料，微波效能大為提高。微波干燥殺菌設備隧道爐門采用加厚結構，目的是防止高溫變形產生微波泄漏，并全部采用了可視窗口，箱內裝有測溫探頭，使得生產過程有了可視性，操作更直觀。在隧道箱前加入了電加熱熱風裝置，可以對要干燥的物料進行預熱。微波干燥殺菌設備在箱外整體采用不銹鋼夾層，對箱體進行保溫，提高了熱效率。

　微波干燥殺菌設備是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。微波的穿透能力比遠紅外線大得多，而且頻率越小，微波的半功率深度越大。微波干燥殺菌設備是用微波照射濕坯體，電磁場方向和大小隨時間作周期性變化使坯體內極性水分子隨著交變的高頻電場變化，使分子產生劇烈的轉動，發生摩擦轉化為熱能，達到坯體整體均勻升溫達到干燥殺菌的目的。微波干燥殺菌設備直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。相比而言，一般可節電30-50％。

　為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，微波干燥殺菌設備對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、。微波干燥殺菌設備食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。微波干燥殺菌設備簡單，工藝，與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。